Uno degli aspetti meno conosciuti di ACTA riguarda il possibile impatto che il trattato anticontraffazione potrebbe avere sul mercato dei farmaci. In genere il dibattito si polarizza sulle possibili conseguenze in rete delle regole a tutela della proprietà intellettuale, ma tale accordo è finalizzato anche alla tutela dei marchi e dei brevetti, la qual cosa ha delle conseguenze di non poco conto sui farmaci.
Secondo i supporters del trattato, ACTA nasce con lo scopo di proteggere la salute dei cittadini impedendo la diffusione di farmaci falsi, e quindi pericolosi, riguardando esclusivamente lo scambio illegale di prodotti attraverso i confini, mentre i critici invece sostengono che potrebbe limitare la circolazione dei farmaci generici.
